Der Standort des Instituts in der Via dell’Archivio Nr. 2 befindet sich in einem Teil der ehemaligen Klosterkirche S. Maria Maddalena, das im 17. Jh. den gesamten Gebäudekomplex zwischen den heutigen Straßen Via Silvio Pellico (Osten), Corso Cavallotti (Süden), Via Mario Greppi (Norden) und Via dell’Archivio (Westen) bildete. Nach der Aufhebung des Klosters im Jahr 1799 begann man 1804 die Baulichkeiten für anderweitige Bestimmungszwecke zu verwenden. Ein Großteil der Gebäude wurde für das von Napoleon Bonaparte gegründete Klassische Lyzeum genutzt. In den übrigen Bereichen kam das Notariatsarchiv unter, dessen Umbau Luigi Orelli, einer der umtriebigsten Spezialisten der damaligen Zeit, verantwortete. Ihm sind die Gestaltung und Errichtung der herrlichen Regalwände aus Nussbaumholz zu verdanken, die auf drei Ebenen (2.340 Regalmeter – 117 Sektionen) die Wände der ehemaligen Klosterkirche S. Maria Maddalena schmücken. Im Jahr 1823 erwarb die Gemeinde Novara das Gebäude und beauftragte 1851 Antonio Busser mit der Neugestaltung der Fassade, an deren Archivolte das Hochrelief „Genius der Konservierung“ des Bildhauers Giuseppe Ardenti angebracht wurde.
Im Jahr 1972 zog das Staatsarchiv nach einigen Umbauten in die Räumlichkeiten ein, die 1987 durch den Erwerb der benachbarten Bereiche des Gebäudes Casa Andreoni aus dem 18. Jahrhundert erweitert wurden. 1997 kam ein im Staatsbesitz befindliches Gebäude hinzu, das an den Flügel in der Via dell’Archivio angrenzt. Zwei Jahre später begannen die Arbeiten für die funktionale und statische Sanierung des gesamten Instituts, die mit der Eröffnung am 31. Mai 2007 zum Abschluss gelangten. Hierbei entstanden neue zweigeschossige Magazine im Souterrain, die über alle notwendigen Anlagen für die Konservierung des Archivguts und die Sicherheit der Mitarbeiter verfügen.
Gegenwärtig ist das Institut mit Räumlichkeiten und Anlagen ausgestattet, die seinen Aufgaben entsprechen, und kann es den Nutzern und Lehranstalten einen Qualitätsservice bieten.